Cuanto se te da este caso, que son pocos, solo te queda la edicion del fb2 manual e ir borrando y poniendo los </section> donde corresponden.
La forma de "currar" menos es poniendo todos los capitulos como titulo 2 7 y luego modificar los </section> para que coincidan..
Tambien puedes usar book designer, que la modificacion de los niveles del arbol de capitulos es sencilla...





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