Es lo más sencillo del mundo: primero enchufas el lector al ordenador y creas una carpeta llamada Dictionaries. Luego, solo tienes que copiar dentro de esa carpeta el diccionario que quieras en formato dict.
Una vez instalado, sólo tienes que pulsar con el dedo la palabra de la que quieras conocer la definición y se abre una ventana con los significados. Lo he probado con ePub y funciona, no sé si con FB2 también irá.
Tampoco tengo ningún diccionario inglés-inglés, pero Surquizu tiene varios en su página dedicada al Kobo aura que igual podrían servirte: http://aurahd.webcindario.com/subweb/diccionarios.htm