He tenido que hacerlo y para ello he probado varios métodos.
1) Online en esta página:
http://audio-joiner.com/es/
muy fácil pero hay interferencia en las uniones de un fichero con otro. Por tanto, descartado.
2) Con el programa Audacity: no muy fácil. También descartado.
3) Con el programa WINRAR: la forma más elegante. Tuve que hacer pruebas para asegurarme de que salieran en el orden que yo quería y listo. Lo recomiendo.
http://www.blogoff.es/2008/01/08/unir-mp3-con-winrar/