Hola, paisana.
Pues supongo que la explicación está en los
metadatos, la maquetación y el formato que le aplica Calibre a esos archivos. En teoría deberían ocupar parecido, porque html utiliza etiquetas y ePub también para mostrar el formato, pero bueno, con estas cosas nunca se sabe. De cualquier modo, ¿en serio es un problema que los archivos aumenten en 300 ó 400 kb? Estamos hablando de pesos irrisorios, en una tarjeta o memoria interna de 2GB caben holgadamente más de mil documentos y aún queda espacio.
Respecto a bajar el peso, supongo que editando a mano los documentos se podría optimizar el código, prescindir de etiquetas innecesarias o duplicadas y aligerarlo algunos kb... un trabajo de chinos que dudo que merezca la pena. Las conversiones automáticas es lo que tienen, que nunca son perfectas. A cambio, son muy cómodas y rápidas.