En mi opinión lo más simple es que hagas un factory reset:
(atención a partir del minuto dos).
Luego instalas el Calibre:
http://calibre-ebook.com/download
Pones los libros en el Calibre, abres el programa, conectas el T2, el Calibre te lo reconoce y desde el Calibre copias todos los libros al T2 en un momento.
Yo estoy usando el Calibre en los últimos tres lectores que he tenido (el último el Sony T3s) y nunca he tenido ningún problema.
Suerte.