Bueno, al final solucioné el problema con el SDK.
En este momento estoy compilando todos los programas opensource como el coolreader, fbreader y demás... Mi primera idea, si lo consigo, es sacar la ruta de configuración del coolreader a la carpeta de la sd. Lo estoy haciendo para x86 y para arm, para poder probarlos en el ordenador antes de meterlos en el cacharro.
Cuando se compilen, si lo hacen (llevo ya varios cambios aquí y allí), el siguiente paso será lanzar un entorno virtual simulando el boox (creo que está preparado para hacerlo), ya sea x86 o el mismo arm.
Cuando esté todo eso hecho, subiré la máquina virtual a algún lado para que podáis trastear.
Y entonces me pondré a modificar cosas.
Ya os iré informando.
Edito:
Ya está, ya lo puedo compilar todo.
Había varios ficheros CMakeList.txt mal, a los que les faltaban cosas, el sistema de construcción rake ese es una mierda pinchada en un palo con fallos aleatorios, había bugs en el código del CoolReader que gracias a san apapurcio han sido fáciles de solucionar.