Olvidate del coolreader de android, este es bastante mas limitado.

yo ya lo he desinstalado, pero creo recordar que pulsando arriba a la derecha te aparecía un menú, con la opción "abrir archivo", y ahí, navegando con dificultad llegas a la carpeta donde tengas los libros en fb2 o ePub, luego, el tema de cambiar las opciones también es complicadillo, pero se puede, doy fe que lo conseguí

Lamento no poder ayudarte mas, pero ya digo que lo desinstalé al poco.

Lo de que los libros en fb2 no te aparezcan en el home es lo mas normal del mundo, no hay la integración que había en el Sony t1.