A mi Amazon me ha dicho hoy que no me lo podía enviar porque el archivo era e.pub. El miércoles (lo tengo programado para dos días a la semana) lo mandó sin problemas.
¿Qué puede estar mal?
Supongo que tienes configurado mal el formato de salida por defecto en el calibre, debe ser .mobi y no .epub. Lo puedes cambiar en "preferencias" del calibre.