Tranquilo MilPeheta y gracias por tu respuesta.

Sospechaba que tenía que ser problema de alguna incompatibilidad en las etiquetas usadas para las capitales. Ya que son esos los epub que me dan problemas.
Podría solucionarlo editando con calibre el libro. Pero para eso ya lo convierto a .mobi que calibre también lo deja fino.
Esperaré a que Duokan implemente la lectura de las etiquetas span (o tal vez es algún estilo que contiene el css para la clase de la etiqueta). Me interesa bastante usar el Duokan, por lo que he probado está realmente bien. Y de ese modo ahorrarme conversiones con calibre.
Lo seguiré de cerca.

Gracias, de nuevo, por tu ayuda

Saludos.