Pues si no entiendo mal la pregunta, lo que pretendes es separar, por ejemplo, la nota a pie de página del texto general. Bueno, en el fb2 (papyre, Hanlin, y otros) lo hace automáticamente el firm o la .css que lleve el lector. En el Sony, la nota sale resaltada y con la tecla "enter" nos lleva a la nota en concreto.