Pero es no es culpa del formato fb2, sino de los programadores de visores.
Pues eso me temo que no lo tendrás con el fictionbookeditor. Solo puede abrir ficheros fb2. Sí que puede exportar a html (un html bastante limpito, por cierto) y tiene una opción para usar plugins para importar de diferentes formatos, pero por ahora no parece existir ningún plugin para importar.
Sí, yo desistí hace mucho de hacer cosas serias con el BD, y sobre todo de abrir un fb2 para hacer cambios, puede ser desastroso.
Bueno, solo sería cuestión de cambiar el nombre por defecto de los estilos que lee las OOOFBTools para que usen los mismos nombres que los que usas tú, eso sí, tendrías que tener instalado el OpenOffice o LibreOffice solo para eso. Dejo las capturas donde se pueden cambiar (asumo que en Word también hay "Estilos de Caracter", porque si no, tendrías que hacer un par de ajustes a mano si lo quieres dejar todo automatizado, sino, cada vez que convirtieras tendrías que poner el título, autor, género, etc a mano en el dialogo)
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Cierto, el calibre sigue siendo una basura cuando convierte de lo que sea a fb2.
A mi el sigil, cuando edito epubs para cambiar alguna cosilla menor, siempre me hace algún que otro cambio inesperado.