Hola, musteman:

Creo que desde el Calibre le estás definiendo su propio css, con su fuente particular.

Abre el Calibre, entra en Preferencias, y busca en Opciones, en algún apartado (busca en los menús) te aparecerá algo así como CSS opcional. Supongo que ahí tendrás líneas puestas que definirán la fuente. Cópialas en un archivo de texto (para no perderlas). Después en las opciones borra las líneas, y guarda las preferencias.

Reinicia el programa Calibre y convierte algún libro, ahora no deberías de tener problemas, creo.

(Siempre puedes volver a poner las líneas otra vez si no te funciona).

A ver si lo puedes resolver

Saludotes