Hola:

Como te dice cathermac, los libros van a data/media/books (tanto en SD como en memoria interna). Ahí puedes crear las carpetas que quieras para organizarlos, pero no te va a crear colecciones. No sé muy bien lo que hará el calibre, pero sospecho que edita el fichero xml que hay para incluir las colecciones, es el único punto en que están recogidas.

En cuanto a maquetación no puedo ayudarte, lo siento, yo parto de conversiones de formatos comerciales y edito el html/css con el gvim, no uso ningún otro programa.