El FBI (no FMI) es el "Fiction Book Inspector", o algo por el estilo, un programita de tratamiento de texto que incluye Book Designer. Es fácil de usar, blanca_luz lo explica muy bien en su tutorial.

Y sí, es un rollo tener que andar retocando los fb2 una vez hechos, pero a veces no queda más remedio, sobre todo en libros que incluyen caracteres especiales.