1.- Por lo que das a entender, el 5.1 te trataba los .doc o preformateaba automáticamente para colocártelos en pantalla (???!!!!). Desconocía que pudiera hacerlo.
2.- Los .doc no se llevan bien con los lectores electrónicos, ni los pdf; a no ser que los tengas previamente configurados a las medidas de pantalla de tu lector.

Si están en .doc, el book designer te los pasa casi automáticamente a fb2 y en este formato se leen perfectamente configurables en el lector.
O, puedes probar con el programa calibre -gratuito- a ver qué resultado te da. Este no permite correcciones antes de la conversión.

Repito, si los .doc están bien confeccionados, pasarlos a fb2 llevará muy poco trabajo.
Saludos.-