Los opf que genera el calibre no tienen porque ser extraídos del fichero, también se pueden generar (que de hecho es lo que hace calibre) a partir de los datos que le introducimos del libro. Si alguien le interesa saber las recomendaciones sobre como escribir un archivo opf visitar: http://www.idpf.org/2007/opf/OPF_2.0_final_spec.html Este no deja de ser un archivo xml que sigue esas recomendaciones. Por eso y a las bravas, si alguien le quiere mirar las tripas con Notepad, o cualquier otro editor de texto lo podría hacer.

En cuanto a las razones de que genere esos archivos, podría ser porque es mucho más ligero hacer una lectura del contenido de un archivo de texto, que la consulta a una base de datos.