Como ya han dicho antes, hay programas que quitan la protección a un PDF de forma instantánea. Siempre que ese PDF esté en una versión arcaica, claro. Si es de una versión reciente, entonces la desprotección puede tardar días o incluso meses (si se usan todos los caracteres posibles, no solo palabras de diccionario).
La versión del PDF se establece en el momento de la conversión y el Acrobat (no sé otros conversores) te permite escoger la versión de PDF que quieras. Por defecto, un PDF se crea en la versión 1.4 (cuya protección se revienta al instante), pero creo que a partir de la 1.5 el PDF está encriptado y ya no es nada fácil de reventar. Cuanto más nueva sea la versión, más potente es la encriptación. Ten en cuenta que para abrir un PDF 1.6 hace falta al menos Adobe Acrobat Reader 7 o programa compatible, ya que no todos los visores de PDF soportan las últimas versiones de PDF.
http://en.wikipedia.org/wiki/Portabl...ormat#Versions
Los permisos (de copia, de impresión, etc) se pueden fijar a posteriori con el Acrobat (supongo que con Reader también) o en el momento de la conversión.