Respecto a esta parte no entiendo muy bien lo que dices, si te refieres a cuando pasas el libro del PC al lector usando el calibre, en el menú Preferencias -> Enviar libros a dispositivos, puedes ponerle una carpeta, por ejemplo: Calibre/{author} y te mandará todos los libros del autor a una carpeta dentro del aparato con la ruta Calibre/autor. Para eso es importante que el metadato del libro esté bien puesto, que muchas veces al importar el libro a la biblioteca no coge los
metadatos bien, y luego tienes que ponérselo.
Si te refieres a la carpeta del PC donde el calibre te guarda tus libros, el programa no te permite elegir, va a tener siempre la estructura Autor/Titulo [secuencial], dentro del directorio donde le hayas dicho al instalar que quieres guardar tu biblioteca, cuando actualiza alguno de los
metadatos de autor o título, Calibre automáticamente te mueve el libro a la nueva ruta.