A todos esos raros puedes hacer una cosa: en vez de pasarlos directamente a mobi con el calibre, genera el directorio de salida con el OPF y los html. Ese OPF ábrelo con el Creator y genera el Mobipocket. Por cierto, el Reader abre ePub y el Creator importa el html directamente para crear Mobipocket.
Y totalmente de acuerdo con no actualizar el calibre, yo lo hago cuando es estrictamente necesario![]()



pero hace tiempo que no actualizo el calibre, pues a veces la actualziación no me arranca y es peor. 

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... lo que no sabia es que transformaba los epub...
Otra opción es pasarlo a RTF y que te lo cambie el Reader, a ver qué hace.
