Hola Liberyd:

Cuando abres un fb2 con el coolreader debes ver el logo del CR mientras arranca.

Lo del skin es eso. Te dará montón de problemas porque llevas la Skin White de Biv_Sumi que hace bastantes versiones que ya no es compatible.Cárgate la carpeta entera.
Lo del pdf no te puedo ayudar. Vuelve a generarlo. El mejor soft para eso es OpenOffice, ya que hace PDF estándard, mientras que otros softs hacen PDF con cosas extrañas que luego dan problemas. Si lo estás haciendo con Adobe Acrobat puedes tener problemas por incompatibilidad de versiones. En el kernel viejo va en teoría un ADE más avanzado.

Lo de las carpetas me suena a muerte de la SD como lo de los archivos de Leído Recientemente. A mi no me ha desaparecido nunca y mira que hago probatinas. Copia todas las carpetas al PC, formatea la SD y vuelve a copiar todo a la SD y me cuentas. La SD formateala a FAT32.

Salu2