Primero, no tengo un sony, por tanto hablo de lo poco que conozco el Calibre: no creo que te permita editar esos archivos, quizá guardarlos en algún formato tipo cómic, como mucho, pero no soy experta en cómics.
Se me ocurre que lo más práctico sería volcar esos archivos (no dices en qué formato los guarda el sony) directamente al ordenador y editarlos sin pasar por Calibre.
Consulta en el subforo de Sony, a lo mejor allí te aclaran más dudas.