Creo que la mejor solución es cambiar la opción que te dan las preferencias de calibre- enviar al dispositivo- gestión de metadatos.
En ella tienes tres opciones. Si elijes gestión automática, cada vez que conectes el ereader se actualuzarán los metadatos de todos los libros con los que hay en la bilbioteca. Yo trabajo cambiando cosas sobre una bilbioteca depurada que me he montado donde solo tengo los libros que están "bien" y cuando conecto el ereader el actualiza los metadatos que he cambiado en la bilbio, incluyendo las etiquetas que generan las colecciones.
(veo que le hilo es un poco viejo, pero tal vez le siva a alguien)