Hola.

Rebuscando un poco por la red he encontrado una posible solución para generar documentos fb2 en linux o macosx. Se trata de un programita en perl del cual os paso el enlace:
http://haali.cs.msu.ru/pocketpc/files/html2xml.pl

Me parece que no soporta imágenes, pero por lo demás parece que no está mal. Permite detectar secciones basándose en etiquetas html o en tamaño de fuentes o en atributos de etiquetas span.

Por ejemplo, puede estar bien para partir de ficheros doc o rtf, grabarlos en html y generar el fb2 a partir de ellos.

Un saludo,

L.