No tengo Elipsa y no sé si se comporta de forma muy distinta al resto de lectores Kobo.
Te recomiendo que utilices Calibre con los complementos Kobo Utilities y Kobo Touch Extended para manejar y transferir epubs (y el resto).
Tienes un manual de Kobo Touch Extended justo encima de este mensaje.
Kobo lee epubs y su formato específico kepub, prueba los dos para ver cual te gusta más, calibre se encarga de convertir automáticamente al transferirlos.
No dudes en preguntar cualquier duda. .