Yo en mi Kobo Mini, donde solo uso KOReader, lo tengo lleno de libros (no muchos porque tampoco tiene mucha capacidad el lector), organizados por idioma y autor. Cuando me acabo un libro, lo borro. Si meto algo nuevo, es porque vaya a leerlo pronto, y entonces no meto más de uno o dos libros.
En el ordenador tengo todos mis libros, en un directorio, de nuevo organizador por idioma y autor, excepto algunos libros técnicos que van en su propio directorio. Calibre solo lo uso para conversiones de formato o para arreglar algún defecto de formato en el libro, pero dado que los libros están ahora mucho mejor formateados que hace unos años, pues tampoco me hace falta y llevo tiempo sin usar Calibre.
En cuanto al móvil, solo tengo dos libros ahí, el que estoy leyendo en el Kobo Mini y su continuación. Como solo leo en el móvil cuando estoy fuera de casa y solo leo un libro a la vez, pues no necesito más.
Con KOReader tuve un par de problemas. Descargué un par de diccionarios de inglés desde el propio KOReader pero no me funcionaron porque KOReader no los instaló correctamente. Después de preguntar en GitHub me dijeron que tenía que descomprimir los diccionarios a mano en su directorio. Un par de días después arreglaron el bug, así que el problema no aparecerá en la siguiente versión mensual del programa.
Tuve otro problema con KOReader y fue con la luz. Después de unos segundos leyendo la luz del móvil se atenuaba y luego se apagaba. Tenía que tocar la pantalla para que la luz volviera (lo cual me cambiaba de página por lo que tenía que volver a pasar página de nuevo). Lo solucioné dando permiso en Android a la app de KOReader para que controlase la luz, y luego en un menú del propio KOReader para que me apague la luz del móvil tras 5 minutos de inactividad.
Así que por ahora seguiré con KOReader.