Me parece muy raro, entiendo que lees epub, no kepub (el epub enviado por Calibre cuando tienes activo el plugin Kobo Touch Extended), pero aún así normalmente los epub se construyen añadiendo un enlace para volver a la posición inicial cuando tienes una nota que te desplaza a otra posición, otra cosa es que igual al elegir poner el enlace en una tipografía especial como pueda ser usar subíndice o superíndice, la zona a pulsar sea tan pequeña que no aciertes con ello.
Y me suena que también, si pulsas en el centro de la página para que salga el menú del libro, tienes la opción de volver a la ubicación anterior, con epub no estoy tan segura, pero me suena que también es así.