Yo te entiendo perfectamente. Es cuestión de gustos y tengo claro que a mi, si por ejemplo no está justificado todo el texto no puedo leer.

Respecto a lo que preguntas, a mí nunca me ha incluido ese espacio en la conversión a kobo. Tengo activado el pluggin kobo touch extended.
Por otro lado, en los perfiles de conversión, opciones de salida y opciones comunes no tengo señalada ninguna opción. Tampoco tengo activada el proceso heurístico. Llevo muchos años con kobo y nunca me lo ha hecho, todas esas opciones nunca las he tocado. Por si eso te ayuda.

Ya me dices.