Me voy a responder a mi misma, ya que he encontrado la solución y por si le puede servir a alguien.
El problema estaba en la visualización. En la página de inicio, hay una barra superior. En ella se puede elegir, colecciones, títulos, autor,... Si se tiene elegido "título" aparecen las carpetas pero también se ve fuera de ellas esos mismos títulos. Para que los libros salgan ordenados en las carpetas, hay que elegir "colecciones"