No estoy muy seguro de si esto es nuevo en este fw o ya pasaba antes. Yo creo que ya pasaba pero te has dado cuenta ahora. No sé... El tema es que en los epubs no se puede cambiar la fuente que ha establecido el autor salvo que cambies el archivo de estilos. Si lees en Kepub, podrás cambiar la fuente.
Si quieres poder cambiar las fuentes en los epubs has de parchear el lector con el parche "Force user font-family in ePubs". Este parche evita que se reconozca cualquier estilo de familia de fuentes establecido en la hoja de estilo del libro. No esta activado en los parches que yo preparo porque puede arruinar el estilo de los libros que usan varias fuentes, pero permite cambiar todas las fuentes a la seleccionada.
Te dejo el archivo de los parches que tengo en la web (metazoas y megaparche) con este parche activado. Puedes descargarlo de aquí:
https://www.dropbox.com/s/jd3c3y0cbh...ePubs.rar?dl=0