Acabo de probar con la barra de estado "completa" (arriba y abajo) y las marcas de capítulos me funcionan perfectos en ambas, se me ocurre que puedes (en el siguiente orden):
a) Probar con diferentes libros (Puede que tenga "demasiados" capítulos ese libro. Hace varios años había un límite de 100 "marquitas" pero lo quitaron. Por otro lado me extraña que sea esto pq tengo libros con más y me las muestra...)
b) Probar en apaisado
c) Probar con un valor distinto en configuración avanzada: "DMinibar_toc_marker_width" (Yo lo tengo a 2, supongo que es el valor por defecto porque no recuerdo haberlo modificado).
d) Si has cambiado el orden de de los elementos de la barra de estado, puede que haya un bug. (coméntamelo si probando los anteriores te sigue sin mostrar las marquitas).
EDITO: Toi ciego, el progreso tampoco xD vale, prueba con un tamaño de fuente más grande, creo que puede que sea demasiado fina. En configuración avanzada: yo tengo dminibar_container_height=14, dminibar_font_size=14, dminibar_height=7, dminibar_toc_marker_width=2.
Tb sería interesante saber (quizás debería haber empezado por ahí :P ), desde cuando te sucede: una actualización?, el cambio de algún parámetro, etc.
Saludos.