Si no recuerdo mal, lo de jnc363 no es un parche, si no una mejora del archivo de silabeo. Generó un archivo tgz para instalarlo. Por tanto son compatibles el parche "set kepub hyphenation" con el archivo de jnc363. Puedes aplicar el tgz antes o despues de instalar los parches o integrar los arcchivos en el instalador del parche