Gracias por tu respuesta, Terisa
Por lo que acabo de comprobar al parecer el problema del tick esta directamente relacionado con el problema de comunicacion. Por lo que he podido investigar, parece ser un fallo comun en Kobo y no queda otra que reiniciar el dispositivo o conectar a otro puerto usb. En mi caso, los lectores solo los conecto a puertos usb 2.0
En fin a ver si encuentro alguna solucion menos engorrosa.
En cuanto al proceso intermedio que se carga los libros... tendrá que ver algo el cortar o copiar desde la carpeta de una biblioteca a la de otra? parece que con algunos lbros no hay problema pero con otros si...
Un saludo!