A mí no me parece nada mal utilizar el formato PDF, que tiene la ventaja de ser universal y se puede utilizar en cualquier lector. En el caso de Kindle soluciona muchos de los problemas de personalización que cita la gente: márgenes, interlineados, tipo y tamaño de fuente, numeración de paginación, contraste. Y si los trabajas bien puedes añadir encabezados y pies de página a tu gusto. Se les suele achacar a los PDF su imposibilidad de modificación, pero sinceramente dudo mucho que alguien modifique un AZW3 en el Kindle. Debido a las escasas opciones de personalización de sus lectores, en la práctica siempre lo dejas en la misma posición de margen e interlineado y con el mismo tipo de fuente, es decir, que no tocas nada. Puestos a no modificar nada, con un PDF al menos puedes personalizar a tu gusto (y no al de Kindle) un libro. En mi caso no utilizo actualmente ese formato porque sigo fiel a mi ley del mínimo esfuerzo y a mi manía de no utilizar el ordenador, pero en el pasado he utilizado para Onyx y Kindle un mismo PDF personalizado con unos resultados excelentes.