¿Qué hace que no haga el conversor offline de Calibre?
Aparte, de paso que te añade metadatos no deseados (tu mismo lo dices), seguro que añade marcas de agua para traceo, aparte de recoger todos los "metadatos" extra que se puedan subir desde tu navegador, aparte los que traiga el propio fichero que subas (como por ejemplo marcas de agua de quién lo compró originalmente).
Qué poco me convencen todas esas herramientas online que consumen una increíble cantidad de tiempo de proceso en el servidor, ofrecidas gratuitamente...