El formato pdf es a la vez una bendición y una maldición en los lectores electrónicos. Imagino que todos nos hemos encontrado con problemas a la hora de convertir algunos ficheros especialmente complejos.
Creo que sería interesante comentar los métodos y software que cada uno usamos y con los que obtenemos los mejores resultados.
En mi caso, suelo extraer el texto e imágenes a formato html para convertir este después.
Primero reduzco los márgenes horizontales y verticales al máximo con el programa JAP (Just Another Printer) o con el propio Acrobat. De esta manera se eliminan los números de página y encabezados.
El fichero resultante (aún en formato pdf) lo convierto a html con el Mobipocket creator. Este programa hace un trabajo bastante bueno con documentos complejos que tienen muchos enlaces y notas.
Por último paso el fichero html al Book Designer para generar el fb2 para mi V3.
Saludos