¿Y has probado si el Kindle te puede leer el PDF? Uno tan grande que seguro que tiene un montón de imágenes tardará un rato, pero el resultado no será mucho peor que una conversión. Los PDF no dan buenos resultados cuando les conviertes de un formato a otro.
Aunque no es el mejor formato, los lectores electrónicos, incluidos los Kindle, leen PDF.
Otra solución puede ser dividir el PDF en varios de tamaño más manejable.