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El mejor formato es el que mejor este maquetado. Es decir un epub mal maquetado es una mierda de epub, un epub bien maquetado es un buen epub. Idem para el resto de formatos. Aunque los más habituales son epub, fb2, mobi/azw3. Los mobi/azw3 que te encuentres por ahí son normalmente conversiones realizadas por calibre, por tanto mejor epub/fb2, y la conversión ya la haces tu si quieres, que seún mejoran calibre mejorán las conversiones cuando tocan el conversor.

Y sobre el fb2 ahora que papyrefb2 está defunta me parece que tenderá a bajar, era la web dónde más se impulsaba este formato supongo que por el lector papyre de gramatta.