Existe un plugin llamado "Reading List". Yo lo tengo configurado de tal forma que, cuando conecto el dispositivo, detecte qué libros tengo en la biblioteca y no en el dispositivo y los envíe automáticamente. Para los cambios de metadatos uso la gestión automática de metadatos. Si he remaquetado un libro lo mejor es borrarlo del lector. Y por último, tengo un plugin que se llama SmartEject, que me detecta los libros que tengo en el dispositivo y no en la biblioteca, de forma que pueda borrarlos.