Finalmente, lo he conseguido.
He sacado la microSD.
He hecho un reset de Fábrica al aparato.
He rooteado.
He formateado la tarjeta a bajo nivel en un lector de tarjetas.
He vuelto a meter la tarjeta al lector
He abierto Calibre, añaddo los libros a mi Biblioteca Calibre y desde ahí los he enviado a la tarjeta SD.
Et voilà! Ya me aparecen los libros en la Biblioteca!
Seguramente no serán necesarios todos estos pasos, pero como no sé cuales son los que sobran, por si acaso lo spongo todos por si a alguien le sucediera lo mismo.
Saludotes y gracias por el apoyo.