Hola! Metiendo mi cuchara de nuevo. Yo no tengo ni kindle ni conocimientos de css, pero he observado algunas cosas que probablemente le sirvan a alguien.
Lo de calibre 1, calibre 2, etc. es para el estilo de cada párrafo, los que tienen color de fondo y borde, me supongo que son los títulos, subtítulos, o el famoso "annotation" que pone el ¿EbookDesigner?
Los que no tienen estos datos son como... digamos especiales, como cuando ponen un fragmento de canción en cursiva y centrada, ¿me explico? (a veces me cuesta entenderme a mi misma)
Para lo que deseas hacer, yo diría que hay que corregir el sig. párrafo:
@namespace h "http://www.w3.org/1999/xhtml";.calibre {
display: block;
font-size: 1em;
margin-bottom: 0;
margin-left: 5pt;
margin-right: 5pt;
margin-top: 0;
padding-left: 0;
padding-right: 0;
text-align: justify
}