Los fb2 muestran las notas en la misma página como un libro tradicional, mientras que los epub los tienen definidos como enlaces que llevan al final del libro.
Supongo que a la hora de mostrarlo en un pop up es similar a ahorrarse un par de pasos en el epub (ir a determinada página), mientras que en fb2 no hay manera de hacerlo.
El mejor sistema me sigue pareciendo el del fb2.