En realidad los epubs los hago a partir del fb2 convirtiendo con calibre. Luego descomprimo con calibre el epub, retoco el css a mano para que quede como yo quiero (incluyendo la creación de más estilos si hace falta), luego los capítulos para que el epub pase el epubcheck y luego recomprimo y a pasarlo por el epubcheck.
Después de retocar el epub lo convierto a azw3 y suele quedar bien.
Desde que me puse medio en serio con esto de la maquetación le he pillado un miedo a todos esos programas que te "facilitan el trabajo"... Y calibre lo uso sólo porque no se crear el toc.ncx y el content.opf, porque también hay que hacer una cosa rara al comprimir los ficheros y porque por suerte no hace muchas cosas raras cuando convierte desde fb2.
Pero bueno, cuando tengo que retocar un epub que he comprado, calibre+notepad++.
¿Que te toquetea? Yo maqueto con sigil y no añade nada siempre que trabajes en "vista de código". El calibre sí que llena el epub de código sucio y lo que hace con el css no tiene nombre, bueno sí: destrozo, lo modifica totalmente de como estaba hecho. ¿Descomprimir con el calibre? Si no hace falta nada para descomprimir un epub, le cambias la extension .epub por .zip y lo abres como un zip normal, aunque por lo que dices no hace falta, desde el sigil puedes retocar el CSS todo lo que quieras exactamente igual que con el notepad.