He instalado el calibre 0.9.39 y parece que está funcionando. Debía ser un bug o algo así, tengo que mirar el changelog.
El caso es que el ordenador lleva 103 minutos y acaba de entrar en la fase de dividir los capítulos. Antes se paraba a los 5-6 minutos de trabajo.
Además en la plumber está la estructura del azw3 descomprimida.
Cuando termine el proceso aviso si ha tenido éxito o no.