Lo que tienes que haces es crear en el disco una carpeta con el nombre que quieras, y copias ahí los libros que te interesen de los que tiene tu mujer. Después en Calibre le dices de importar biblioteca, y listo. Puedes cambiar de una biblioteca a otra sin problemas. Yo lo tengo así con dos bibliotecas independientes.
Otra cosa que puedes hacer como te han dicho, es crear etiquetas para los tuyos. Aunque eso lo veo más laborioso e incomodo.
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