Yo lo hago con Calibre.
Selecciono el libro a modificar y le doy a "Convertir libro". El formato se lo mantengo, pues casi siempre son epub.
Después sólo tienes que borrar el libro con formato original y te quedas con el que has modificado.
Otro método es editando el metadato.
Más facil aún. Clic derecho sobre el libro y le das a editar metadatos.
Este último creo que no me gustaba mucho porque me mantenía la portada original aunque se la borrara.