Aquí hay dos cosas distintas, las rayitas del índice de arriba se muestran según la anchura de la pantalla y el número de capítulos que hay, si hay demasiados, símplemente no se pueden dibujar. Yo he hecho la prueba con un fb2 y al hacer algo más de 120 capítulos se ha quedado sin mostrar rayitas.
Pero el "problema" que tienes es otro. Coolreader solo muestra rayitas para el primer nivel de capítulos.
Es decir, lo que tienes en el Sanctus ese es algo así:
Libro ICapítulo 1
Capítulo 2
Capítulo 3
Capítulo 4
Capítulo 5
Capítulo 6
Capítulo 7
Capítulo 8
Libro IICapítulo 9
Capítulo 10
Capítulo 11
Capítulo 12
Capítulo 13
Capítulo 14
Capítulo 16
Capítulo 15
Pero Coolreader solo te va a mostrar el primer nivel, el de los "libros", eso no lo puedes solucionar. Salvo pidiéndoselo al creador y que te lo acepte (cosa que dudo).
Por otra parte lo que puedes hacer es "desanidar" los capítulos del segundo nivel, si sabes un poco de fb2 es sencillo hacerlo y si no con Bookdesigner se hace en un momento (aunque te arriesgas a perder cosas (guiones largos, párrafos con otras alineaciones, etc).
Entonces tendrías algo así:
Libro I
Capítulo 1
Capítulo 2
Capítulo 3
Capítulo 4
Capítulo 5
Capítulo 6
Capítulo 7
Capítulo 8
Libro II
Capítulo 9
Capítulo 10
Capítulo 11
Capítulo 12
Capítulo 13
Capítulo 14
Capítulo 16
Capítulo 15
Pero claro, el libro tiene tantos capítulos que es posible que tampoco consigas ver las rayitas, porque habría tantas que el programa no podría mostrarlas como comento al principio.
Si tanto necesitas ver las rayitas lo único que se me ocurre es que "desanides" los capítulos y los separes en varios ficheros.
Edito: Había puesto Libro I, cuando en la segunda tenía que ser Libro II y el editor de fb2 que decía era Bookdesigner en vez de coolreader. Siento la confusión.