Pues a ver si te puedo ayudar Trapillo.
Yo el PDF Reader nuevo estoy empezando a utilizarlo ahora, desde que subieron el parche, antes utilizaba el viejo y siempre encontraba una manera cómoda de leer cada formato trasteando las opciones, pero de una vez para otra ya se me había olvidado :S
En el menú "Leyendo" tienes varias opciones en la primera línea: de "Pager Mode" a "Auto Crop". Yo suelo utilizar siempre "Auto Crop" aunque no sé exactamente en qué influye, creo que esas opciones están hechas para eso mismo, por ejemplo para moverte por un cómic en horizontal o por un documento con columnas. Parece que tú lo tienes en "Scrolling Mode" y por eso te salta a la primera página, supongo que será otro bug de la aplicación.
Si lo pones en "Paper Mode" puedes utilizar el Joystick o las flechas para desplazarte arriba y abajo por las columnas y la flecha derecha para pasar de columna o de página cuando llega a la última columna.
Por ejemplo, si tienes dos columnas, dividiendo la página en 4, pulsando flecha derecha te vas desplazando con solo pulsar un botón, en este órden: cuadrante arriba-izquierda, abajo-izquierda, arriba-derecha, abajo-derecha, siguiente página.
Espero que te sirva de ayuda, pero ya te digo, yo lo consigo siempre trasteando esos modos y viendo qué función toman las teclas y el joystick.
Un saludo.