Todo perfecto. O sea que tengo claro el proceso que tendré que hacer con todos aquellos que no están maquetados correctamente:
1) Abrir con word y generar los hipervinculos a la sección que corresponda cada uno.
2) El fichero .docx resultante abrirlo en atlantis world processor (lástima que solo este en windows y yo soy usuario de mac, pero haré uso de la virtualización para este menester)
3) El fichero .epub final, resultado simplemente de guardar en dicho formato desde el programa del punto 2, lo puedo añadir a mi librería, con la maquetación corregida e índices validados...
En fin, todos los días se aprende algo más.
Gracias por tu dedicación...