Os pongo aquí el método que uso para cambiar las fuentes en los epubs.
Lo primero es cargar las fuentes. Con el epub que nos interesa modificar abierto (siempre trabajo con una copia, sólo por si acaso) pinchamos en la carpeta Fonts que aparece a la izquierda, en el book browser, con el título de Fonts, y con el botón derecho clicamos en Add items. A continuación, escogemos la fuente o fuentes que nos interesen de la carpeta donde las tengamos archivadas.
En la hoja de estilos (stylesheet.css, 0.css o la que aparezca en la carpeta que pone Styles), si queremos cambiar la fuente del párrafo estándar, nos vamos a la línea marcada con p y añadimos font-family: "Verdana", donde Verdana se sustituye por el nombre de la que hemos añadido al epub. Ojo a las mayúsculas, o a cualquier otro signo (guiones, etc) que pueda haber en el nombre de la fuente.
Ejemplo:
p {text-indent: 2em; font-size: 0.89em; margin-left:1.5em; margin-right:1.5em; text-align:justify;}
quedaría así:
p {text-indent: 2em; font-family: "Verdana"; font-size: 0.89em; margin-left:1.5em; margin-right:1.5em; text-align:justify;}
Y añadimos una línea adicional para la fuente:
@font-face {font-family: "Verdana", serif; font-style: normal; font-weight: normal; src: url(../Fonts/verdana.ttf) format("truetype");}
De nuevo es importante el nombre correctamente escrito, o no funcionará. Lo mismo es válido con los títulos, modificando las líneas correspondientes a h1, h2, etc.
Así es como lo he hecho en los últimos epubs, pero si alguien conoce un método menos engorroso, o quiere hacer cualquier corrección, bienvenido sea.