La conversión entre formatos es algo discutido hasta la saciedad. Es posible, pero dista mucho de ser perfecta. Ni siquiera entre formatos de caraterísticas similares.
Pero lo del PDF es lo más complicado.
Como maquetador, me llegan los textos en varios formatos. Dependiendo de las buenas o malas prácticas se pueden conseguir mejores/peores resultados. Pero me he encontrado con PDF compuestos de imágenes. Es decir, que ni el mismo software de Adobe (padre de este formato) era capaz de manejar.
Recuerdo uno en concreoto en que tuve que hacer OCR para obtener el texto. El PDF estaba formado con imágenes. No había posibilidad de extraer el texto.
Explicado esto, puedes probar a convertir esos PDF con cualquier programa, incluído Calibre, pero te garantizo que no vas a obtener lo que pretendes. Y más si hay gráficos o textos a varias columnas (caso del que estoy maquetando ahora).
Siempre puede existir algún PDF que salga más o menos limpio, pero son casos contados.
Convertir de PDF a, por poner un ejemplo, EPUB es tan laborioso como maquetar para imprenta. Además hay que andarse con ojo y repasar todo. Puede haber glifos que se hayan generado con imágenes por no disponer (o no encontrar, o no buscar) de una tipografía para mostrar ese caracter. Con lo que ni siquiera las mejores herramientas del mercado te aseguran la extracción correcta de todo el texto.
Es un trabajo que tiene su miga.
Entiendo que esos archivos no les resulte fácil convertirlos de PDF a un formato más amigable con la lectura digital, pero me temo que hasta que esto cambie es lo que hay. O se gastan ellos el dinero en disponer de esos cursos en EPUB o se lo gasta el alumno en un dispositivo que cumpla mínimamente su cometido.
Otra opción es que contraten a alguien como nosotros para hacer una buena conversión a EPUB :p:p
Sinceramente, no te aconsejo nada inferior a 9.7 para textos académicos.
Tal vez debas plantearte comprar uno de esas dimensiones si ese es el uso principal. También podrás leer novelas en ellos.
;)

